Nel 1540 viene edificato nella località chiamata “cassine d’Agogna” un mulino ad acqua e quindi un piccolo Oratorio “dove si radunano li vicini massari nei giorni di festa per insegnare la dottrina cristiana ai loro figli”.
Di un primo restauro si interessò il sacerdote Bartolomeo Solari, discendente di una delle famiglie considerata fra i maggiori proprietari terrieri di San Marco in quei secoli, e la colletta che egli aveva promosso fu devoluta, per ordine del vescovo Odescalchi, nel 1663, ad ampliamento della primitiva cappella.
Un sostanziale ampliamento della chiesa e la creazione dell’antistante piazzetta si ebbe negli anni settanta del secolo scorso: opera dell’ing. Carlo Del Bono – amministratore della Comunità Borgomanerese – che gratuitamente seguì i lavori e la costruzione del campanile. Venne solennemente inaugurata nella festa di san Marco del 1874.
La nuova chiesa Parrocchiale venne costruita in questo ultimo decennio e consacrata da mons. Aldo del Monte, Vescovo di Novara.
