Risale l’origine della Chiesa ad un piccolo Oratorio con relativo vetusto battistero, distinta quindi dalla Parrocchiale di Borgomanero, sorto fra la seconda metà del XV secolo e l’inizio del XVI.
La Chiesa vera e propria si deve al fervore ed all’opera persuasiva del venerando vescovo mons. Carlo Bascapè, che la consacrò il 25 luglio 1605. Negli stessi anni il Bascapè vi insediò una Congregazione dei santi Gaudenzio e Carlo, istituendo anche una “Scuola di Teologia Morale”, a dirigere la quale, nel 1609 chiamò il teologo Francesco Marconi Quagliotti.
Solo nei primi anni del 1700 la riedificazione portò la Chiesa di Santa Cristina all’attuale consistenza.